Le triphénylchlorométhane est l'une des matières premières organiques de base couramment utilisées dans le domaine de l'industrie pharmaceutique et chimique. Dans le processus de l'industrie chimique organique et de la synthèse de médicaments, il peut être utilisé comme groupe de protection sélectif pour les groupes hydroxyles primaires, les groupes aminés et les groupes sulfhydryle contenus dans des composés tels que les nucléosides, les monosaccharides ou les polysaccharides, ainsi qu'un réactif chimique de base dans la synthèse de polypeptides. Après avoir utilisé le triphénylchlorométhane comme réactif protecteur dans le processus de l'industrie chimique organique et de la synthèse de médicaments, dans le processus d'élimination du groupe protecteur du triphénylméthyle dans une solution d'alcool acide, sous-produits tels que les éthers alkyles triphénylméthyle tels que l'éther méthylique triphénylméthyle, on produit habituellement de l'éther triphénylméthyle et de l'éther triphénylméthyle.